La Universidad Nacional del Sur (UNS), fundada en 1956 sobre la base del Instituto Tecnológico del Sur, adoptó desde sus orígenes una estructura académica organizada en Departamentos. Estos constituyen las unidades básicas de docencia, investigación y extensión, y agrupan disciplinas afines según lo establece el Estatuto Universitario. La formación docente en Bahía Blanca tiene antecedentes anteriores a la UNS.

En 1906 se fundó la Escuela Normal Mixta de Bahía Blanca, institución que dio origen a los profesorados de nivel inicial y primario. Estas carreras pasaron a integrar la UNS en la década de 2010, alcanzando jerarquía universitaria en 2013, aunque inicialmente dependieron de forma transitoria del Consejo Superior Universitario.
En 2014, la Licenciatura en Ciencias de la Educación se incorporó como carrera universitaria y fue ubicada bajo la órbita del Departamento de Humanidades.

El 4 de noviembre de 2020, la Asamblea Universitaria aprobó mediante la Resolución AU N.º 09/20 la creación del Departamento de Ciencias de la Educación, que se constituyó como la 17.ª unidad académica de la UNS. El nuevo Departamento integró las tres carreras del área: Profesorado en Educación Inicial, Profesorado en Educación Primaria y Licenciatura en Ciencias de la Educación. La decisión respondió a varios fundamentos: consolidar la trayectoria del área de Ciencias de la Educación dentro de la UNS, reconocer la historia de los profesorados en la región, garantizar una estructura propia para la formación docente universitaria, y habilitar el acceso pleno a la ciudadanía universitaria para estudiantes y docentes del área.

La creación del Departamento permitió a su comunidad participar en igualdad de condiciones en la vida institucional de la UNS, incluyendo representación en los órganos de gobierno universitarios (Consejo Departamental, Consejo Superior y Asamblea Universitaria), así como acceso a programas de becas, subsidios e intercambios.

En marzo de 2021, el Consejo Superior Universitario declaró al nuevo organismo como cabecera de las tres carreras, designó al Dr. Raúl Menghini como Director Organizador y conformó un Consejo Asesor con representantes de los tres estamentos (profesores, auxiliares y estudiantes). Dicho Consejo tuvo como función acompañar la organización inicial del Departamento, incluyendo el traspaso administrativo de alumnos y docentes, la estructuración del personal y la coordinación de tareas de docencia, investigación y extensión.

Desde su creación, el Departamento de Ciencias de la Educación constituye el espacio institucional específico de la UNS para la enseñanza, investigación y extensión en el campo educativo, y concentra las actividades académicas vinculadas a la formación de grado y posgrado en Ciencias de la Educación.